Кэй Нарутани возвращается в Японию, но его прибытие омрачается внезапной атакой. Таинственные летательные аппараты, известные как Дзай, обрушиваются с неба, представляя собой серьезную угрозу из космоса. Эти машины обладают такой разрушительной силой, что способны уничтожить все воздушные силы человечества, ставя планету на грань полного уничтожения.
В ответ на эту катастрофу страны мира вынуждены разрабатывать уникальное оружие — «Дочерей». Они выглядят как обычные девушки, но на самом деле являются сложными боевыми единицами, управляемыми автоматическими механизмами пилотирования. Среди полного хаоса и разрушений, вызванных нападением Дзай, Кэй находит маленькую девочку по имени Грипен. Ее появление становится поворотным моментом, ведь она оказывается последней надеждой человечества в этой глобальной войне.
